原本以为是个简单的问题，结果查询了诸多法律条款，竟然没有明确规定。《劳动法》、《劳动合同法》、《社会保险法》、《社会保险法实施细则》、实施《中华人民共和国社会保险法》若干规定、《社会保险费征缴暂行条例》等法律法规，只是说社会保险应足额缴纳，未足额缴纳如何处理。至于什么是足额缴纳，没有明确规定。
《关于工资总额组成的规定》倒是明确了工资总额，但是没有明确是应发工资，还是实发工资。如果是实发，就应该扣除个税，如果是应发就不应该扣除。不过以之前办理社保年审的经验是按照应发工资确定缴费基数的。
至于说缺勤的扣不扣，不用质疑——扣。人家不上班你给人家发工资吗？不发工资（部分），自然核算缴费基数时没有这个时间段的工资了。
根据粤府﹝2000﹞7号和粤地税发﹝2001﹞117号的规定：参保职工个人的缴费基数应按其上年度申报个人所得税的工资、薪金的月平均数计算确定，缴费基数原则上一年不变。
工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。职工本人当月工资收入高于全省上年度在岗职工月平均工资（本市上年度在岗职工月平均工资）300%以上的部分不计征；低于全省上年度在岗职工月平均工资（本市上年度在岗职工月平均工资）60%的，按全省上年度在岗职工月平均工资（本市上年度在岗职工月平均工资）的60%计征。
企业发放给员工的年终奖、企业年金，其性质属于当月员工个人的工资、薪金收入，因此，应并入当月工资作为缴费基数计算社会保险费。
如此看来，缺勤和公积金和个税都是要扣除的， 1、如果你是按最低工资标准缴纳社保，那不用纠结扣不扣了
2、如果是按上年度全年应发平均工资上报社保基数，需要扣除员工未出勤的工资 不用扣除 不用扣除 最近事多没逛社区，没想到有这么多回复，感谢大家。工资总额构成上没有明确写应发工资还是实发工资，咨询了人社局，都是按应发工资申报缴费基数的，而且也不能扣缺勤和个税。假设这个认工资3500，缺勤2天，扣掉社保和公积金实发2500，他的社保基数应是3500.我之前提到的那个公式就是我们人社局提供给我的。目前已申报完成。
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