背景：公司从事海运业务，属于特殊行业。其中船上作业人员就是所谓的海员，他们有海事局专门规定的教育背景、从业环境和晋升发展体系，实行综合工时制，涉及到工资支付等切身利益有关的办法也是特殊的，不同于陆地员工。
由于船员没有单独局限在某个子公司内，与陆地工作人员同属一个企业法人。
根据《集体合同规定》，第六条规定：符合本规定的集体合同或专项集体合同，对用人单位和本单位的全体职工具有法律约束力。
因此，公司想商讨更改船员的工资支付办法，在设定集体合同时遇到难题——这个支付办法只对船员这个特殊群体有效，但《规定》又提出对企业所有员工具有约束力。
请各位不吝赐教。如何做才合法合理？