关于病假工资计算基数的问题

　　　我公司有一员工07年开始病假，因病情重，延长医疗期，合同已经到期了，在医疗期满了24个月后，公司决定终止劳动合同，之前病假工资和疾病救济费一直是按合同工资为基数计算的，但是现在他提出重新计算病假工资，以病假前十二个月的平均工资为基数，并依此核算经济补偿金。

　　　对于病假工资基数《上海市工资支付办法》规定，假期工资的计算基数有三个原则
１、劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的工资标准确定
２、劳动合同、集体合同无约定的，可协商确定
３、无任何约定的，按劳动者正常出勤月月工资的70%确定
　　对于原则1，原本我理解的是劳动合同约定了工资数的就以此做为基数，但是劳动仲裁方面的解释，却说有约定是指合同中必须要有类似合同工资做为计算基数的这样的约定才可成立。

　　　很纠结，到底该怎么计算。

　　　我让员工以书面形式提出异议，他又怕落下什么不利于他的证明而不肯写。