HR新人的困惑

本人介绍：职场新人，诚实。

现公司情况：公司把人事这块外包给人力资源公司，人力资源公司主要就是负责与公司员工签合同发放每月的基本工资和上保险，每月我公司亲自发另外一部分奖金作为工资的一部分。

工作流程：以前公司就是由公司副总兼着负责与人力公司的报表和发放工资。现在由我做。

遇到的问题：以前的工作做的非常乱，经常是张三和李四本应同样基本工资结果一差就是两三年，好多人的保险乱上，或者离职的人还一直发了大半年的工资，离职的还一直上着保险等等。我一工作经常面临着发错工资的员工问我这些情况，而且公司内部也没有统一的章程，内部机制不健全。这些没人监管，我的性格不希望看到这些不负责的处理问题，但没人敢声张或汇报给大老板。公司是希望HR能完善成熟，才用的我，可来了之后发现事情还很渺茫。

我的困惑：在HR部门，但实际做的就只有发工资（甚至只是在键盘上打上数字），没有实质的HR应做的内容，更没有自主权。我不知道该怎么做，可以使我进入角色。那个女副总是我现在的上司，她根本不管我目前的所处的情况，我这个部门无人问津，而且出了问题我要替她背黑锅，至少我要闭嘴不说。但从公司的整体发展看空间也是有的，但我如果越过女副总去找老板谈，肯定会招来打击（我已经受过一次了，结果她义正言辞的说她为人如何，处事能力超乎常人，硬是把黑白颠倒并说我说谎人品有问题，不想回想了），不知道该怎么办，请高人帮我出出主意！