三方就业协议是三方意思一致的体现，属于民事法律范畴，约定的违约金有效，但金额一般不得超过一个月工资。另该协议只能约束你到该单位报道，你到该单位报道建立用工关系后，你与用人单位之间建立了劳动关系，该违约条款自然失效。到时你再提前三日离职即可
顶楼上的。。不过我相信这个是可以通过协商解决 用人单位也不再在乎这个3000元 问题在于你自己是如何处理的
协议有效，金额不合理，只需返还招聘费用
和企业HR谈谈
现实中，不是所有问题都需要靠法律来解决的
我从操作上给楼主一点建议：
其一，楼主既然没有与该用人单位签订三方协议，那么你的求职就应该不会遇到任何阻碍。公司只需你能提供就业协议就OK，不会去查你是否有与其他单位签了什么附加协议；
其二，关于你签了的附加协议，在没看到文本的情况下不好下定论是否有法律效力（如果协议本身就有不符合相关法规的地方呢？）。最好的解决办法当然是与企业协商达成一致撤消协议（这里楼主要注意毕竟我们是没有道理的一方，所以态度啊等等肯定要好并且做足心理准备）。如果不行，我个人的建议是干脆不要去理他，我们公司每年都有毁约的学生，但从来也没听说要找哪个学生上法院的。
其三，吃一堑长一智，希望楼主能通过这个事吸取点教训。我想任何公司在进行校园招聘的时候都会将重点放在学生的自身素质及发展潜力上，如果把诚信丢了，那我们还剩下什么去吸引这些“挑剔”的HR的...
如果主协议没签，那么这个补充协议的效力难以认定。个人认为可以不用多予理会。
违约金约定有效，但客观来说三千元偏高，如果上升到法律角度，很有可能减免。
如该协议真的影响到再次就业，最主要的还是和企业HR好好协商。或者入职后，在试用期离职也未尝不是一个办法。