制度管理与人性化管理冲突的问题，如果制度规定的很明确，建议按照制度来处理，不然以后其他人也不会遵守制度；如果制度规定的不明确，员工的错误确实情有可原，有正当的理由，可以从轻处理。
所谓的为制度开绿灯，实际上讲的是制度的“执行力”问题，中国人常说“制度是死的人是活的”。意思就是说制度在执行的时候需要有灵活性、变动性。注意，制度执行的变动与制度执行的打折扣不是一个概念的。很多人混为一谈。制度执行时灵活到什么程度、变化成什么样子，实际上是企业文化的一种写照。我相信中国企业管理模式都面临过为制度开过绿灯（即：制度执行力偏低）的情形。特别是家族企业，老板一句话就可以把制度规定流程或内容全部颠覆，其实这是不可取的。如果企业绿灯开多了，会逐渐弱化制度的有效性，久而久之，企业管理一定会陷入困境、企业的价值观也会受到影响。但也不是说不能开绿灯，开绿灯也需要有技巧的。举个例子：会议管理制度规定参会人员迟到3分钟以上的，必须罚站20分钟（即：站着开会），而迟到者又是公司的高管、老板的妹妹，她不愿意站。怎么办？难道直接开绿灯吗？具体的时候，为了维护制度的权威性，老板自己（或其他人员）替她站20分钟，这样就保证了制度的执行力。个人建议：遇到特殊情况，需要为制度开绿灯之前，可以思考下，有没有变通的、两全其美方式或方法。下班啦，就写这么多。这个问题很经典，可以展开讨论！
在民营企业全力不是制度赋予的而是老板赋予的，核心员工违反了公司制度，老板想开绿灯必有他的考虑，作为HR不应简单的去考虑要不要开绿灯，而是考虑开完绿灯后怎样去善后。站在老板角度考虑问题，才是民企HR生存之道！
首次，我会向老板说明他违反公司制度的条款，按照制度应该如何处罚；其次向老板表明制度应该具有严肃性，公司员工都应该遵守，否则就失去了制度的作用；最后，如果老板坚持不处罚的话，建议可以先依据制度处罚，然后再找借口从其他方面进行奖励，以宽慰和挽留骨干人员。这样既可以保持制度的严肃性，又可以给违反制度的员工以宽慰，使老板先演黑脸再演红脸。
制度在企业管理中是刚性化很强的，是公司日常管理活动的标准，但制度与现实中的管理活动是存在滞后性，若如果完全按照制度去执行，一般是很难。但一旦打开一个缺口，存在一个例外，慢慢的在日常管理过程中就会存在很多的例外。为此对制度的执行过程中是否给予开绿灯。这个要看是什么样的行为，如果是原则性或与企业的核心制度相抵触的，作为HR人员则需从专业的角度从明确告知上级主管或老板，能不能例外处理。该坚持的则需坚持，若上级主管或老板决定了要给予例外处理。则HR就需按照指示去处理，若可以的话，则在后续管理过程中，适当的修改规章，以适应管理的需要。
能否开要要视具体情况而定，作为HR讲原则没错，但有时也要适度地灵活。
有几部学习资料，你可以参考：
《无间道》1、2、3
《线人》
《毒战》
《同门》
《门徒》
。。。。
其实我们公司也有这些情况，同事跟老总说了情况，老总同意，可是如果一直这样的话公司的管理肯定要出问题，那我们该如何做一个合理的制度呢？
人力资源工作更多时候需要灵活性，有人情味儿，虽然有制度规范，但只要不违背大的原则方向不侵害公司利益，是可以适当调整的，前提是让违反制度的核心人员能通过此事件有深刻认识，加强对制度条文的认知，做到没有下次，才能起到特赦的意义
事事而论吧，还开的时候开！