制定部门考核机制。
先分析原因：为什么这个专员要越级汇报？个人认为有三点：一、下属对你的能力还有质疑，觉得你还不胜任做他的领导，对你不服：二、作为主管，上级给你的权利还不够，对下属的管控权不多。所以下属可以忽视你的存在。三、有可能是上级领导暗中授权给下属的也未可知哦。如果是第三种情况就有点不好办了，第一种情况相信只要主管多和下属沟通，对他提出要求，再在适当的时机展现自己的能力，我相信问题很快就能解决！第二种，就要多和上级沟通，让上级能充分支持你。
咱也来分享一下吧，因为我有过类似的经历，就是在前一家公司的工作经历。
首先，我的职位是培训经理，有下属2名，还急需招一名培训专员，长时间没遇着合适的（都是我面试的）。
某日，我正值出差，回来后发现公司竟然新招了一名培训专员Z，说实话，人很优秀，听说是人力资源部老大与我的领导分别面试敲定的（解释一下，当时我们培训室即将脱离HR部成立培训部，所以我的很多工作已经补属于HRM管）。
接下来，逐渐发觉，这个新招的专员Z对我好像不是很认可，他自己认为他是HRM招来的，所以经常去跟HRM汇报工作（其实当时还有一点点工作归HRM管），我对此并没有表示出很愤怒。
因为由于Z的这种表现，逐渐引起我的领导(很有来头的）的注意。因为毕竟Z的工作时我和领导安排的，所以我特意请了Z吃了一顿饭，跟他详细叙述了我们培训室即将脱离HR部的事情。
从此，他不管什么工作都是先汇报我，再也没有不把我放在眼里。
我分析了能够圆满解决这样的事情，少不了几个条件：
1、作为他的领导要有宽厚的胸怀，不能一有不顺畅的事就生气，甚至发飙。
2、一定要找机会把情况说清楚，千万别憋在心里生闷气。
3、自己在专业上和工作技能上要不断学习，这样才能让下属知道你是可以依赖的。
4、就是上面的领导要身正（其实不知道这样说对不对，因为有的公司还提倡越级呢）
其实往往是上级的纵容导致下属的越级，一个好的上级如果他能意识到，当有人越级时，他完全可以说：先找你的直接主管沟通！我们单位的体制更是如此，不仅下对上越级，上对下也越级，所以中层的满意度最低！
谢谢大家，看过大家的意见后，我也认真分析了一下，个人认为：
1、上级领导的纵容是一个问题。
2、新职员为了在领导面前展示自己的工作能力而导致。
3、我个人也有一定的责任，没有树立权威，当然也许是我的工作能力欠佳。
找个时间先和我的上级领导沟通一下，明确工作职责，并在工作会议上重新强调。而我个人的工作能力、素质也要在今后的工作中注意加强和提升。
楼主说已经把专员直接越级汇报的问题和领导汇报过,但是领导不做回应.这样就有想象的空间了.是专员的问题还是领导的问题这个可能您要再观察一下.本人的建议是你可以直接和领导表明你的态度,这样越级汇报你不好掌握本部门的工作动态,请领导尽量配合.如果领导眼里还有你这个主管的话他会配合你处理的.
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一般是当主管和下属的界限不明确时才会出现这种状况。组织当中，分工是很重要的，有了分工才有授权。谁管谁，谁给谁安排工作，谁考核谁；谁向谁请示汇报，接受谁的指导和监督，只要明确了就不太会发生这样的事情。如果还会发生，那就是主管的上下级都有问题了。这种情况可不是好的苗头，应该尽快解决。不然，时间一长谁是谁的主管就未可知了。
对待这个问题，我觉得核的关键还是领导的态度，这个分工一定要明确，职责一定要清楚，权限也要明晰，可以看得出来，该领导还是对此类行为默许的。我觉得应该有必和领导沟通一下，探测一下领导的真实想法，是基于对你的不信任呢，还是别的什么原因，只要领导摆平了就好办了。
还有就是从那个新来的人入手了，新来的就这样做，肯定和领导应该还是有关系的，既然有些比较难处理的问题来找你，你就很好办了，你可以告诉他或者暗示他，让他直接去找领导嘛，有事没事消极一下，他就明白了，还有你安排的工作他不做，那么相信名义上你是他的上级，对于不服从领导安排的，公司应该有太多的制度可以执行的了。
这样的现象已经是很常见的了,其实有时老板根本不在意这个.