支持孔某！
因为，加班费是否存在，不是用人单位一方能规定的，而是法定的。即只要员工存在加班事实，就需要按照法定的标准支付加班费。因此，有没有加班费的前提是要看员工有没有加班的事实。
在我国，加班的认定与员工职位高低没有关系，就看该员工所在的岗位实行的是什么工时。如果该员工所在岗位实行不定时工时制，一般而言不存在加班的概念（在深圳、上海法定节假日存在），如果员工所在岗位实行的是标准工时、综合计算工时，只要超过法定工作时间安排员工工作，就存在加班。
所以，该案中，既然孔某所在公司实行的综合工时制，该公司就必须支付给孔某加班费。
对于中层管理人员，企业可以参照标准工时制核算定工作量，在确保职工的休息、休假权利和生产、工作任务完成的前提下采用弹性的工作时间，到当地劳动部门申请批准不定时工作制。目前现行有效的地方法规中，除了上海、深圳之外，实行不定时工作制的情况下，职工在法定节假日期被安排工作的，企业都不需要支付加班费。 本帖最后由 寂寞沙洲2008 于 2010-10-7 19:33 编辑
学习了，希望大家多发表意见
我个人觉得高管一般讲的都是年薪制，而且他们的工资本身就很高，所以，可以适当的领些
应当支付加班费。如果采用的是综合工时制度，如果超出了平均工时制也算做是加班的。但需要加班证据，期待楼主回复。
我们公司制定的上班时间是一周五天制一天7个小时，但由于工作性质，通常都是7点左右才下班，这种情况算不算加班？还有就是公司是以发放补贴的形式支付加班费的，即是加班到8点的有不高于10元的餐费补贴，到十点的有不高于30元的车费补贴，我想问一下这样何不合理？
孔某的主张不予支持。
原因：1、双方签订的劳动合同中约定,孔某的工作,执行综合工作时制度,并不执行公司每日八个小时的标准工作时间；
2、约定孔某每年销售计划为4000万人民币的合同额度,未完成约定销售额度的50%时,没有提成。
因此，孔某为了完成销售任务,需要经常到各地出差或者在北京本地寻找或考察项目所付出的时间是必需的。
而且，孔某最终连约定年销售额的10%都没有达到就提出辞职，我认为公司的认为“孔某为完成年销售额,自行安排的出差不能作为加班,而且公司在其出差过程中每日都有相应的出差补助”是对的。
孔某合同约定的是综合工时制。
综合工时制：指因工作性质特殊，需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业或部分职工，实行的以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种制度。综合工时制仍为劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44个小时的工作制度。
不知道孔某的综合工时是以那个计算周期的，是否加班没法明确，毕竟综合工时制只要再计算段内综合计算后符合规定，就不构成加班。
权当孔某的确长产生加班实施，但公司也有一套完整的加班申请流程吧？那孔某是否也应当如其他员工一样要走正常程序申请加班呢？我认为应当.....毕竟孔某的出差、加班，都是个人安排，而非公司安排。
所以我认为，高管应该有加班费，但案例中，孔某的诉求应该得不到仲裁支持，不过法定节假日上班的加班费，可以得到。
另外，公司允许孔某不考勤，还是会给公司日后的管理留下风险，建议没必要还是不要，呵呵
个人愚见，大家探讨~~
工时制度分为三种：标准工时、综合工时和不定时工时。其中标准工时和综合工时都是每天工作不超过八小时，但综合工时下非法定节假日超出的工作时间可以用倒休来消化，但是总体工作时间（这要看企业申请的计算工时的周期是多长）是与标准工时一样的，超出的工作时间要支付加班费用。
但是楼上的说的也对，员工申诉是要举证的，如果没有上级主管签字的加班申请单或考勤记录，他的申诉很难被支持。
谁主张谁举证，孔某没有证据证明自己在加班，所以诉讼请求不成立
高管一般都是实行年薪制