必须依法办事，不然制度就成了一纸空文。
另一方面，公司以前是以人为本，现在是依法管理，管理的导向变了，企业的文化得跟上才行，员工之所以会不服气，是因为企业文化的建设没跟上制度的改革，员工还停留自以前那种“以人为本”的仁慈的企业文化当中。你们领导需要好好考虑一下该如何扳正企业文化了
1、依据现行法律，企业是没有罚款权的。如果一定要罚，可以在绩效考核分数中体现。
2、当然，如果抛开这一点，还是建议按公司制度执行罚款。但需告知员工，充分沟通，不要太生硬，毕竟被罚款谁都不爽。沟通不畅，极有可能成为员工离职的导火线。
3、该案例中，员工说公司不公平。我觉得这是员工对罚款抱怨的症结所在，也是他离职的关键原因。他把对其它方面的不满发泄在这次被罚款事件上。需要认真倾听员工意见，耐心解释，尽最大努力改变公司的不足。
从你描述的情况看来应该算是劳动密集型企业，对时间要求非常严格，人肉把关自然让HR非常的为难，常常因为人情和制度左右为难。我的建议是再次判断一下你们公司的底线是什么，如果你们是家倾向于知识密集型企业，那这种规定显然是值得商榷的，作为HR有责任帮助企业找到更适合的规章制度。如果你的判定确实15分钟的迟到触及到了公司规范底线，那一定要按规矩办事，如果可以，用餐的考勤也可以交给公平公正的系统负责，也避免了难做。
看到这个事情，我觉得是不是你们公司的企业文化出现了问题。人性化必须公司运转中体现出来，但是也要有一个大前提，就是公司工作正常的运转。在我们中国，一直都是讲究的没有规矩不成方圆，作为管理者必须坚持外圆内方，要人性化，但更要有自己的原则，有自己作为管理层所必须坚持的原则。建议你去了解一下破窗效应。
既然都已经按法办事了那就秉公办理。私下要做怎样的交流另当别论。但罚是肯定的。否则后面就会乱，而且很容易遭话柄。自乱了规章！
我比较好奇后续发展，辞职的人走了没？这个事情应该按照规定进行处理，毕竟你们是一个人性化管理到规范化管理的一个过程。但是也必须说，她的辞职影响很恶劣~这些是不可避免的风险~
这要看公司之前的制度执行情况，若之前一直有制度还未能执行到位，而现在打算再进行严格执行制度的话，那么建议有个缓冲，先对员工进行相关的制度重申，同时第一个月将迟到的人员发至各部门进行迟到提醒，并且说明 下个月将严格按制度执行，第二个月则再严格按制度执行。这样大家有个接收过程，再进行制度的执行，大家的配合度会有所提高。供参考
制度加人性化更服众{:5_208:}
把情况跟他们的部门负责人做沟通，请部门负责人与其谈话，根据谈话结果给予处理。如果态度不错，且确实存在经常加班等的情况的话，免以处罚。但如果态度不好，有刻意挑战公司制度或HR之嫌，就正式与其谈话，坚决处罚，并记录谈话内容，要求签字。
按制度办理给予处罚是合乎规定的，不需要太纠结罚还是不罚，但罚过之后需要考虑一下：
1、为什么她们会不服？
先不说罚50是多是少，最主要的是制度在制订之前有没有通过职工代表大会进行讨论？制度确定之后有没有向全员进行宣导？宣导之后有没有拿到她们的同意及签名？如果这些都做到了，相信她们即便心里不爽快也不会说什么话了，毕竟自己签字确认过了。
2、企业有没有处罚权一直是有争议的话题，也很容易引起纠纷与投诉。因此，在明知处罚不是管理目的的前提下，是不是可以考虑一下既有利于团队和谐又能减少违规事件发生的正向措施？
3、对于一些屡教不改顽固不化的蛀虫一样的人，处罚也已经没有意义了，早点清离团队比较重要。